在不同進(jìn)樣量時測試蛋白質(zhì)鑒定和定量數(shù)量，可以看到在250 pg進(jìn)樣量時，K562樣品可以鑒定到880個蛋白質(zhì)( FDR<1%)，其中327個蛋白質(zhì)CV低于20% ( 圖1)。隨著樣品進(jìn)樣量的增加，蛋白質(zhì)鑒定數(shù)量增加，進(jìn)樣5ng時鑒定出3752個蛋白( FDR<1%)，其中2457個蛋白CV低于20%?？瞻讟悠钒凑障嗤瑮l件進(jìn)行分析，未檢測到蛋白或多肽，說明工作流程可靠性。

左圖透明柱狀圖代表global FDR<1%時蛋白質(zhì)鑒定數(shù)量，實心柱狀圖代表FDR <1%和CV <20%的可定量蛋白質(zhì)數(shù)量。

使用DIA-NN分別進(jìn)行基于自建數(shù)據(jù)庫的數(shù)據(jù)處理，以及直接從人類FASTA文件中生成理論數(shù)據(jù)庫的分析?？傮w而言，兩種數(shù)據(jù)處理方法蛋白質(zhì)鑒定的重疊程度很高，使用自建數(shù)據(jù)庫處理的蛋白質(zhì)鑒定數(shù)量略多(約4%)（圖2），二者共同鑒定到的蛋白質(zhì)為819個。

通過比較間隔1個月進(jìn)樣的2組實驗來評估低進(jìn)樣量實驗的日間重復(fù)性，每次實驗對相同的K562原液進(jìn)行稀釋，使用Zeno SWATH DIA進(jìn)行分析。可以看到，在3種低進(jìn)樣量下，觀察到相近的蛋白質(zhì)鑒定數(shù)量（圖3）。

兩組實驗中，每個進(jìn)樣量樣品均進(jìn)行3次采樣。數(shù)據(jù)在DIA-NN軟件中使用基于自建數(shù)據(jù)庫的流程進(jìn)行數(shù)據(jù)處理。透明柱狀圖表示global FDR <1%的蛋白質(zhì)鑒定數(shù)，實心柱狀圖帶表示FDR <1%和CV <20%的可定量蛋白質(zhì)數(shù)。