世界衛(wèi)生組織將這個(gè)新型冠狀病毒暫時(shí)命名為“2019-nCoV”。冠狀病毒是一個(gè)大型病毒家族，已知如中東呼吸綜合征(MERS)和嚴(yán)重急性呼吸綜合征(SARS)是2種高致病性冠狀病毒。冠狀病毒是具外套膜的正鏈單股RNA病毒，其特點(diǎn)是可以以自身為模板，指導(dǎo)合成病毒相關(guān)蛋白質(zhì)。病毒進(jìn)入宿主細(xì)胞后，首先以病毒RNA為模板表達(dá)RNA聚合酶，隨后RNA聚合酶完成負(fù)鏈RNA的轉(zhuǎn)錄合成、各種結(jié)構(gòu)蛋白mRNA的合成，以及病毒基因組RNA的復(fù)制。新型冠狀病毒是以前從未在人體中發(fā)現(xiàn)的冠狀病毒新毒株。隨著監(jiān)測(cè)和研究工作的深入，可能會(huì)發(fā)現(xiàn)更多種類(lèi)的冠狀病毒。

通過(guò)高通量NGS測(cè)序可以協(xié)助病毒溯源，監(jiān)控病毒變異，掌握病毒的發(fā)展方向，也可以為抗病du藥物研發(fā)提供科學(xué)依據(jù)。為了弄清新型冠狀病毒的起源，中國(guó)研究人員對(duì)9例住院患者的樣本進(jìn)行高通量測(cè)序，獲得了完整和部分的2019-nCoV基因組序列。他們發(fā)現(xiàn)，這種新型冠狀病毒在遺傳學(xué)上與SARS和MERS冠狀病毒不同，但與兩種蝙蝠來(lái)源的冠狀病毒密切相關(guān)。新病毒可能是近才出現(xiàn)的，并采用與SARS相同的分子通道進(jìn)入人體[1]。

珀金埃爾默具有完整的NGS解決方案，產(chǎn)品涵蓋樣品收集、核酸提取、核酸質(zhì)控、NGS自動(dòng)化文庫(kù)構(gòu)建工作站及NGS建庫(kù)試劑等幾個(gè)方面。利用珀金埃爾默公司的NGS產(chǎn)品，可以實(shí)現(xiàn)從樣品收集、提取、NGS建庫(kù)及文庫(kù)質(zhì)控的全流程解決方案。

PerkinElmer NGS全流程解決方案

1、病毒RNA提?。篊hemagen自動(dòng)化核酸提取方案

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新冠病毒檢測(cè)之Chemagen自動(dòng)化核酸提取方案

病毒RNA質(zhì)控：由于不同樣品之間病毒含量差異較大，不少樣品病毒量稀少，在NGS文庫(kù)構(gòu)建需要進(jìn)行RNA質(zhì)控，了解RNA的提取質(zhì)量情況對(duì)下游實(shí)驗(yàn)及數(shù)據(jù)分析等都有非常重要的意義。

我們創(chuàng)新的LabChip® GX Touch微流體技術(shù)提供了的電泳分離效果。LabChip® RNA分析為大小介于100 至6000個(gè)核苷酸之間的RNA樣品提供了一種快速簡(jiǎn)易的定量方法。利用RNA檢測(cè)實(shí)驗(yàn)分析RNA樣品，通過(guò)自動(dòng)化步驟來(lái)進(jìn)行樣品定量和完整性分析，可以節(jié)省時(shí)間和金錢(qián)。LabChip的RNA分析能夠?yàn)橛脩籼峁㏑NA濃度，以及核糖體RNA比值作為完整性檢測(cè)的指標(biāo)。RQS為一個(gè)介于0和10之間的質(zhì)量評(píng)分，其中“10”表示樣品完好無(wú)損。RQS與其它商業(yè)指標(biāo)的相關(guān)度*。

圖示：RNA樣品的降解過(guò)程，強(qiáng)制性的對(duì)完整的RNA通過(guò)加熱一系列時(shí)間使之降解，以展示樣品的降解過(guò)程。

NGS文庫(kù)質(zhì)控：構(gòu)建好的NGS文庫(kù)，可以利用NGS 3K試劑盒進(jìn)行NGS文庫(kù)的質(zhì)控。LabChip DNA NGS 3K實(shí)驗(yàn)?zāi)軌蛱峁╈`敏的濃度檢測(cè)范圍(起始樣品濃度5-500pg/μL)，已遠(yuǎn)遠(yuǎn)超過(guò)其他的DNA熒光標(biāo)記技術(shù)。無(wú)論是何種應(yīng)用，LabChip DNA NGS 3K檢測(cè)都只需要很低的樣本量。這個(gè)實(shí)驗(yàn)尤其適合有稀缺文庫(kù)樣本的質(zhì)控。

圖示：DNA NGS 3K實(shí)驗(yàn)可達(dá)成的靈敏度。同一NGS文庫(kù)樣本進(jìn)行6次3倍系列稀釋，實(shí)驗(yàn)結(jié)果展示了LabChip DNA NGS 3K的靈敏度及檢測(cè)下限。數(shù)據(jù)結(jié)果由LabChip GX Touch儀器生成。

除了以上RNA質(zhì)控及高靈敏度的NGS 3k芯片試劑，Labchip可以在同一個(gè)平臺(tái)上完成高靈敏度DNA/RNA樣品分析、彌散性DNA樣本分析， 以及RNA和基因組DNA樣本的完整性分析，且每個(gè)樣品耗時(shí)可低至28秒。本系統(tǒng)既有大批處理能力為24個(gè)樣品、幫助節(jié)約時(shí)間和試劑用量的型號(hào)LabChip GX Touch 24，又有適用于高通量實(shí)驗(yàn)室的型號(hào)LabChip GX Touch HT，可達(dá)成384的處理能力。您可根據(jù)具體的應(yīng)用選擇適合的數(shù)據(jù)輸出：電泳峰圖、虛擬膠圖或數(shù)據(jù)表格。

3、NGS建庫(kù)自動(dòng)化方案：自動(dòng)化文庫(kù)構(gòu)建工作站

NGS建庫(kù)流程復(fù)雜，對(duì)液體處理精準(zhǔn)度要求高，利用自動(dòng)化工作站進(jìn)行NGS文庫(kù)構(gòu)建，具有流程標(biāo)準(zhǔn)化、樣品之間重復(fù)性好，精準(zhǔn)度好，通量高等特點(diǎn)。根據(jù)通量大小、自動(dòng)化程度的不同，珀金埃爾默提供了多款自動(dòng)化NGS文庫(kù)工作站供選擇。

Sciclone G3 NGSx iQ高通量自動(dòng)化建庫(kù)工作站，通過(guò)整合協(xié)同工作， 自動(dòng)化程度獲得極大提高： 一個(gè)Twister III五維機(jī)器人手臂、可存放27盒槍頭的儲(chǔ)板棧、高通量精準(zhǔn)移液的Sciclone G3 NGSx文庫(kù)制備工作站、內(nèi)嵌桌面式Inheco ODTC熱循環(huán)儀、直觀圖示化的用戶界面、經(jīng)PKI 專業(yè)開(kāi)發(fā)驗(yàn)證、兼容不同品牌供應(yīng)商建庫(kù)試劑盒的NGS自動(dòng)化建庫(kù)程序，確保高質(zhì)量的DNA或RNA的NGS文庫(kù)構(gòu)建。大量已經(jīng) 驗(yàn)證的NGS建庫(kù)程序，確保NGS文庫(kù)的快速制備。使用這套無(wú)人值守自動(dòng)化建庫(kù)系統(tǒng)，您可以空出更多時(shí)間去做更具智力挑戰(zhàn)性的工作，分析實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)、設(shè)計(jì)您的下一個(gè)實(shí)驗(yàn)方案等。

Sciclone G3 NGSx iQ HT 高通量自動(dòng)化建庫(kù)工作站，基于Sciclone G3 NGSx iQ工作站做進(jìn)一步升級(jí)，配備384通道移液頭，內(nèi)置抓扳手及外置Twister III五維機(jī)器人手臂、內(nèi)嵌桌面式Inheco ODTC熱循環(huán)儀。是一款提供從核酸到文庫(kù)的微型化、標(biāo)準(zhǔn)化、測(cè)試應(yīng)用的儀器。反應(yīng)的微型化節(jié)約了寶貴的試劑，并允許研究人員以相同的成本運(yùn)行更多的樣品。

Sciclone® G3 NGSx工作站是我們的高通量解決方案，適用于文庫(kù)制備、序列捕獲及樣品歸一化。該系統(tǒng)每周可制備多達(dá)480個(gè)文庫(kù)或192個(gè)外顯子組捕獲文庫(kù)，且靈活性*，每輪能處理8到96個(gè)樣品。此外，Sciclone® G3 NGSx工作站的全封閉平臺(tái)設(shè)計(jì)，可使交叉污染降至更低水平。該系統(tǒng)在針對(duì)前PCR工作流程設(shè)計(jì)優(yōu)化之余，同樣適用于后PCR工作流程。

Zephyr® G3 NGS工作站是一個(gè)簡(jiǎn)單易用的文庫(kù)制備系統(tǒng)，經(jīng)過(guò)專門(mén)的設(shè)計(jì)和預(yù)編程，可應(yīng)對(duì)新一代測(cè)序樣品制備工作流程中的后PCR步驟――磁珠純化、qPCR體系構(gòu)建、樣品歸一化、樣品混合（多重）實(shí)驗(yàn)。同時(shí)也是追求性價(jià)比的中通量實(shí)驗(yàn)室的前PCR建庫(kù)系統(tǒng)的好選擇。

JANUS G3 NGS Express(PLUS)工作站配備直觀的文庫(kù)制備應(yīng)用界面，可實(shí)現(xiàn)片段化文庫(kù)、擴(kuò)增子、靶向捕獲等文庫(kù)制備及樣品歸一化。它是中低通量臺(tái)式測(cè)序系統(tǒng)的完美補(bǔ)充。

4、NGS建庫(kù)試劑：NextFlex 文庫(kù)構(gòu)建試劑盒

新型冠狀病毒是具外套膜的正鏈單股RNA病毒，利用NextFlex Directional RNA-seq kit 2.0 可以構(gòu)建鏈特異性RNA文庫(kù)，通過(guò)對(duì)病毒的測(cè)序來(lái)進(jìn)行病毒變異、宿主溯源等深入研究。

珀金埃爾默提供了二代測(cè)序文庫(kù)構(gòu)建試劑產(chǎn)品組合，包含DNA、RNA、Small建庫(kù)試劑，擴(kuò)增子/探針雜交捕獲試劑以及建庫(kù)流程中使用到的接頭和純化磁珠。同時(shí)珀金埃爾默提供相應(yīng)的自動(dòng)化試劑盒包裝，可以直接應(yīng)用于珀金埃爾默的NGS自動(dòng)化文庫(kù)構(gòu)建工作站。

以上珀金埃爾默提供的NGS整體解決方案可以極大地提升新型冠狀病毒的研究效率，為科學(xué)家們更好地進(jìn)行病毒溯源，掌握病毒變異，預(yù)測(cè)發(fā)展方向以及藥物研發(fā)提供有力保障。

參考文獻(xiàn)

[1] Lu R, et al. Genomic characterisation and epidemiology of 2019 novel coronavirus: implications for virus origins and receptor binding. Lancet. 2020 Jan; S0140-6736 (20): 30251-8.